1953年就读于广东实验中学。

1960年，毕业于北京医学院(现北京大学医学部)并留校任教。

1970年，到广州医学院进修。

1979年4月，曾到英国进修。

1981年8月，结束进修归国。

1984年，被授予首批国家级有突出贡献专家称号。

1985年后，被指定为中央领导保健医生，受聘为世界卫生组织医学顾问、国际胸科协会特别会员、亚太分会理事。同年任硕士研究生导师，并获首批国家级有突出贡献的专家称号。

1990年，被评为全国卫生系统优秀留学回国人员，获政府通令嘉奖，1992年获全国卫生系统模范工作者称号。

1993年，受到广东省人民政府通令嘉奖。

1995年，任博士生导师，同年被评为全国先进工作者，并荣获全国五一劳动奖章。

1996年5月，当选为中国工程院医药与卫生工程学部院士，是中国工程院医药卫生工程学部副主任，著名呼吸内科专家。

1997年，当选为中共十五大代表。连任第八、九届全国政协委员。

1998年6月，任中国工程院医药卫生工程学部副主任。

2003年，作为中国抗击非典型肺炎的领军人物，在SARS(中国大陆地区民间通称为"非典型肺炎")猖獗的非常时期，钟南山不但始终在医疗最前线救死扶伤，还积极奔赴各疫区指导开展医疗工作，倡导与国际卫生组织之间的密切合作，因功勋卓著，荣获全国"五一"劳动奖章，同时被广东省荣记特等功，被广州市授予"抗非英雄"称号。

2004年被评为"感动中国2003年度"十大人物之一。[8]

2005年4月13日，当选中华医学会第23届会长，他是新中国成立后中华医学会七任会长中的第二位学者。

2007年获得英国爱丁堡大学荣誉博士学位。

2008年当选第十一届全国人大代表。

2009年9月14日，他作为100位新中国成立以来感动中国人物之一，受到中共中央全体常委领导同志的亲切接见。

2010年获得澳门科技大学荣誉博士学位。[2]

2012年10至2013年7月，任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/常务副所长。 

2013年7月至今，任广州呼吸疾病研究所所长。 

2014年，获颁香港中文大学荣誉理学博士学位。

2016年3月27日，参加中国首届流感高峰论坛并发表讲话。[1]

2020年1月20日，国家卫健委高级别专家组召开发布会，钟南山任专家组组长。 

2020年1月21日，新型冠状病毒联防联控工作机制科研攻关组第一次会议，钟南山任组长。 

第十一、十二届全国人大代表，第八、九、十届全国政协委员  。